منابع معتبر در وزارت امور خارجه میگویند که عباس ستانکزی، معین سیاسی وزارت امور خارجه با مولوی امیر خان متقی، وزیر خارجه طالب روابط متشنج دارد. اختلافات شان از گذشته است و در وزارت امور خارجه این اختلافات و مشکلات مشهود است و امور وزارت را شدیداً متاثر نموده است. اختلافات ستانکزی و متقی به گذشته دور و حتی به حاکمیت دور اول این گروه بر میگردد که در آن زمان ستانکزی معین وزارت امور خارجه، بود و متقی وزیر اطلاعات و فرهنگ.
در مذاکرات دوحه که منجر به تسلیمی قدرت به طالبان شد نیز میان استانکزی و متقی بر سر رهبری مذاکرات با جانب آمریکا اختلافات و خودخواهی های وجود داشت. ستانکزی، به این باور و آرزومندی بود که وزیر امور خارجه می شود اما فیض حمید، ریس استخبارات پاکستان در اولین روزهای برگشت طالبان به کابل آمد و روی چگونگی تعیینات رهبری حکومت تصمیم گیرنده اصلی بود و نام استانکزی از وزارت امور خارجه حذف شد و پس از آن به حیث معین سیاسی تعیین شد. استانکزی با تقررش به حیث معین سیاسی خوش نبود و حاضر به کار در سطح معین سیاسی نبود و به وزارت هم نمی آمد و در محافل و کنفرانسها به جای که معین سیاسی برود شخص متقی میرفت و در این سه سال حاکمیت طالبان، استانکزی هیچ سفر به بیرون از کشور به نمایندگی وزارت امور خارجه نرفت و اختلافات عمیق سلیقهای و سیاسی با متقی دارد. به گفته منابع وزارت خارجه، متقی در این سه سال تلاش کرد با تشکیل یک تیم کاری افراد با اعتماد خود را در بست های کلیدی وزارت تعیین کند و ستانکزی را از نظر صلاحیت به حاشیه براند و تمام امور روابط با کشورهای منطقه و کشورهای غربی را خود به دست گیرد. ستانکزی در عین حال با وزیر امر به معروف و کارکردهای امر به معروف شدیداً مخالف است. مامورین وزارت امر به معروف طالبان در ادامه گشت زنی به تمام وزارتها به وزرات امور خارجه به خاطر تفتیش ریش و بروت و لنگی مامورین میآیند که استانکزی در بعضی مواقع آنها را دشنام داده و میگوید: “یک چای شان بدهید و خران را از وزارت بیرون کنید. این ها خر ها استند وزیر شان هم یک خر است و شرایط فعلی و جهان کنونی را نمی شناسند.” نفر های مربوط به متقی چند نفر مامورین طالب را با لنگی و ریش دراز میآورند و در ریاست دفتر به مامورین امر به معروف نشان میدهند که اینه مامورین ریش و بروت و لنگی دارند. مولوی متقی از روز اول به مامورین قبلی وزارت گفته بود که به نحوه پوشش و چگونگی آمدن تان کار نداریم اما نماز بخوانید. اگر نماز نخوانید گذاره من و شما نمیشود. ستانکزی با هندیها روابط گسترده داشت و در بیست سال و به خصوص در دور مذاکرات دوحه، چینل و مجرای روابط طالبان با هند، عباس استانکزی بود. استانکزی در دور مذاکرات دوحه هیچ گاهی برای مشوره به پاکستان سفر نکرد زیرا میدانست اگر به پاکستان سفر کند در آنجا ربوده شده و یا با سرنوشت نامعلوم مواجه خواهد شد.