گروه طالبان به مثابه یک جنبش افراطی و قومی از بدو شکل‌گیری‌شان، همواره با چالش‌های داخلی و خارجی مواجه بوده است. اختلافات درونی این گروه یکی از اساسی‌ترین چالش‌های است که گاهی طالبان را در لبه پرتگاه قرار داده است. گرچند بسیاری از کسانی‌که در مورد جریان طالبان و تبارشناسی این گروه پژوهش کردند، عوامل زیادی را در به میان آمدن اختلافات طالبان پیشکش کردند، اما به باور من در کنار علل‌ها مثل ایدیولوژیکی، سیاسی، پشتونی و غیر پشتونی، نسل جدید و نسل کهنه طالب، دو عامل کلان دیگر در شکل‌گیری اختلافات میان طالبان نقش برجسته دارد. یکی، طایفوی( غلجایی و درانی) و دوم، استخباراتی (پاکستان+ امریکا+روسیه+ایران+چین)

 مسایل طایفوی؛ ریشه اختلافات بین غلجایی‌ها و درانی‌ها قوم پشتون به گذشته‌ها برمی‌گردد و این دو طایفه به‌خاطر رسیدن به قدرت میان هم بارها درگیری شدند و در این راستا خون‌ها یکدیگر را ریختند، اما در برخی موارد علیه سایر اقوام زیر چتر پشتوانوالی متحد شدند. اختلافات این دو طایفه نه تنها که بالای قوم پشتون تاثیر منفی گذاشته، بلکه منجر به بدبختی و عقب‌ماندگی کشور شد و افغانستان را هموار میدان بازی برای بیرونی‌‌ها قرار داده است. این اختلافات به شدت عمیق است؛ اما گاهی شدت شعله‌ی دشمنی غلجایی و درانی را، داعیه‌ی پشتوانوالی می پوشاند و نمی‌گذارد بیشتر طغیان کند. حالا اختلافات که بین طالبان بوجود آمده است و دارد هر روز این گروه را به سمت نابودی حرکت می‌دهد از فاز طایفوی گذشته و بازی استخاراتی کشورهای ها غلبه بیشتر کرده و هردوطرف را در دست دارند.

تاثیرات استخبارت؛ اختلافات درون طالبان یک واقعیت پیچیده و چندوجهی شده است که می‌تواند تأثیرات عمیقی بر آینده این گروه داشته باشد. استخبارات امریکا، روسیه، ایران و چین جناح‌های مختلفی را در درون طالبان ایجاد کرده‌اند که از جمله جناح نظامی، سیاسی، ایدئولوژیک، هر کدام دیدگاه‌ها و اهداف متفاوتی دارند. به طور مثال ملا محمد یعقوب، ملا برادر از درانی‌ها با شبکه حقانی به رهبری سراج الدین از طایفه غلجایی هم‌نظر هستند و در مخالفت با ایدیولوژی هبت الله درانی قرار دارند. این هم‌نظری ریشه در دو موضوع دارد، اول این‌که ملا برادر شوهر خواهر ملا محمد عمر و ملا محمد یعقوب پسر ملا عمر رهبر و بنیانگذار طالبان خود را سزوار رهبری این گروه می‌دانند نه ملا هبت الله را. از سوی هم این دو رهبر پیش قدم طالبان جمع سراج الدین حقانی در دست امریکا قرار دارند و با هرچه مخالفین امریکا است، مثل ایران، چین و روسیه در مخالفت هستند. آن‌ها در تلاش هستند که هبت الله را به هر شیوه حذف کنند و زعامت امارت طالبانی را خود بدست بگیرند. هم‌چنان تفاوت‌های نظر غیر پشتون‌ها (تاجیک و اوزبیک) و زیر پا شدن حق آن‌‌ها از سوی طالبان پشتون هم در فربی سازی اختلافات این گروه نقش دارد و نباید نادیده گرفته شود. این موضوع اکنون هم همبستگی ایدیولوژیک که در گذشته  میان طالبان وجود داشت را تضعیف کرده است. کشورهای که در پس  این اختلافات قرار دارند خود هم به این نتیجه رسیدند که نه دنیا و نه مردم افغانستان و نه خود بازیگران با هیچ طرف و جناج طالبان موافقت و زندگی کرده می توانند، آن‌ها تا رسیدن به هدف‌شان و تضعیف یکدیگر از طالب استفاده می‌کنند. در واقع این اختلافات پایان طالبان را رقم خواهد زد.